1950年代，两岸的目光都聚焦于游弋在中国南海的美国第七舰队，正是这个时候，一小撮“台独”分子在美国建立组织，并开始了50年来有预谋的分裂计划。

　　1970年1月，“台独”分子彭明敏逃往美国，“台独联盟”在美国成立。蒋经国时代的台湾继续沿着孙中山的道路前进，并最终完成了“宪政改造”。“台独”分子在台湾的活动受官方限制，民间也对其持普遍排斥态度，故而没能掀起多大的风浪。

　　从文化大革命中走出来的中国大陆重新开始重视国家统一问题。1979年1月1日，全国人大常委会发表“告台湾同胞书”，宣布了和平统一祖国的方针。1980年3月12日，民革中央为纪念孙中山逝世55周年在北京举办座谈会，主题为祖国统一。杜聿明在会上说：“台湾有我的老师、朋友和同事，他们当年都曾信奉中山先生，我希望他们遵循中山先生的遗训，为祖国的统一，做出自己的努力。”此后，历次纪念孙中山的活动，都不离国家统一这个主题。

　　大陆学界对孙中山的研究也复苏了。1979年11月，“孙中山与辛亥革命学术讨论会”在广州召开，首邀美国、日本和香港地区学者参加。1983年以前，孙中山研究和辛亥革命研究大体上联成一体，1984年以后，孙中山研究逐步有了独立的系统，研究方向转向了孙中山所处时代和生活环境，孙中山与同代人关系，孙中山与传统文化，孙中山与军阀的关系。进入90年代，孙中山研究在广度和深度上有了进一步拓展，学者们开始从近现代视角探讨孙中山思想。

　　随着孙中山在中国大陆再次被认识，这位伟人在台湾的处境却在蒋经国去世后被边缘化。从根上不把自己看作中国人的李登辉致力于将台湾从中国分离出去，作为中国象征的孙中山自然成了他下手的目标，通过排斥孙中山来排斥国家统一。李登辉先是通过修改“宪法”，淡化三民主义的基础，然后拆解国民党，引发党内“新旧之争”。不但孙中山研究受到限制和打压，而且在台湾地区的大学联考中，三民主义科目也被弱化。

　　李登辉在用日文写就的书里，详细地阐述了如何“去中国化”，所用正是“去其史”的手法。从1988年到1997年，以现代化的名义，李登辉逐步解构了国民党数十年以孙中山思想为基础建构起来的政治体系，不仅让台湾的政治、也让台湾人的意识陷入混乱。

　　陈水扁推动“去中国化”的步骤显得更加急切，想尽一切办法过滤“中国”二字，在孙中山身上做的文章比李登辉有过之而无不及。尤其是在“大选”中，陈水扁阵营竭力将孙中山描绘成“国民党的孙中山”，以此激化“省籍矛盾”。2004年，已经习惯将孙中山尊为国父的台湾民众突然得知，2006年启用的新教科书将把孙中山定义为“外国人”。争论无果之余，台湾一位叫李起余的76岁退休老兵，于2004年11月12日孙中山诞辰138周年纪念日，从台南市搭车到高雄忠烈祠，在孙中山铜像前自杀。次日，大批民众和国民党党员聚在孙中山纪念馆举行抗议活动，为满城风雨的台湾岛又添上一缕苍凉。