学校领导班子是推动合建工作的重要保障。各地与教育部一起注重选优配强合建高校领导班子和干部交流，推动直属高校、部省合建高校干部双向挂职和交流任职，将表现突出的领导人员纳入直属高校干部选任视野，提升了合建高校领导班子的治校理政能力。2018年以来，通过中央援派任务向新疆大学、石河子大学、西藏大学援派干部人才89人。目前，已有15名直属高校干部在合建高校领导班子任职，其中由直属高校推荐担任合建高校正职人选7人。